试管三代双胎可能增加孕妇和胎儿的健康风险。由于在体内授精过程中，医生需要控制激素水平以促进卵巢产生更多卵子，这可能导致女性出现激素失调、情绪波动等问题。同时在将多个受精卵植入子宫的过程中也存在着流产、早产等风险。
试管三代双胎也可能增加母婴之间的并发症发生率。由于怀孕是通过辅助生殖技术实现的，母亲本身可能存在着一些基础疾病或生育障碍，这会增加怀孕期间出现高血压、糖尿病等并发症的风险。同时对于胚胎进行选择和筛查也可能导致某些遗传疾病未被排除而造成不良后果。
试管三代双胎还可能带来家庭和社会压力。对于家庭来说，经济支出、时间精力投入等方面都需要承担更多责任。而从社会角度来看，试管婴儿本身就带有一定争议性和道德风险，在选择多胞胎怀孕更容易引起公众争议甚至道德谴责。
在试管三代双胎过程中所需药物和手术也存在一定风险。例如使用促排卵药物可能导致过度刺激卵巢而引发卵巢过度刺激综合征；促排卵手术可能伴随感染、出血等并发症；移植时如果未能准确操作也容易造成失败或其他意外情况。
