巧囊手术与试管对女性身体的危害都是比较大的。因为巧囊手术有可能会使卵巢丧失功能，从而导致女性出现不孕不育的现象，而试管婴儿需要使用大量的促排卵药物，刺激卵巢产生卵子并促排卵泡生长与发育，就会使其出现卵巢过度刺激综合征等不良症状，且**移植手术也会利用穿刺针穿刺女性的身体，使身体受到伤害。

巧囊手术对女性身体的影响非常之大，因为巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，在进行手术的时候，可能会造成卵巢组织错误剥离或者手术中器械对卵巢组织造成伤害，都可能会影响到卵巢的功能，严重的还会使卵巢丧失功能，从而引起不孕不育的现象。而且做手术还有可能会造成临近组织粘连，平时就可能会出现腹痛等不适。

巧克力囊肿手术对卵巢的伤害主要是，可能会引起卵巢内膜损伤、排卵障碍、卵巢功能过早衰退等。如果是双侧巧克力囊肿，手术后可能导致不孕。此外，在手术过程中，如果出现感染，也有可能出现卵巢功能损失。因此，患者应该慎重考虑使用这种方法来治疗巧克力囊肿，特别是对于有生殖需要的患者。