试管婴儿技术在应用过程中，通常需要通过取卵子和精子进行体外受精，从而得到一定数量的优质胚胎。然而，这个过程中会产生大量的“剩余胚胎”。这些剩余胚胎中，通常会质量较好的进行冷冻保存，以备必要时解冻移植。但有很大一部分胚胎将永远不会被使用，剩余的胚胎如何处置成为了一个伦理争议的焦点。一些宗教认为，胚胎是人类生命的起始，销毁损坏胚胎无异于谋杀生命，是对人的亵渎和不尊重。因此，他们强烈反对把胚胎丢弃或用于科学研究。
一些批评者认为，三亲父母试管婴儿技术的本质就是人造胚胎，相当于“设计”新生儿。这种技术可能会引发关于生育权和选择权的道德考量。一些人认为这种选择权是夫妇的个人权利，而另一些人则担忧这可能导致对人类基因组的不可逆的干预。
试管婴儿技术的发展也引发了关于父母身份的伦理争议。如果人工生殖技术只使用夫妻的生殖细胞精子和卵子，那么相对来说会比较简单一些。但是，如果涉及到使用丈夫的精子但用第三者的卵子，使用妻子的卵子但用第三者的精子，或者精子和卵子都使用第三者的，特别是“三亲父母”试管婴儿的研究，完全除掉仅是有可能患上某种疾病的胚胎，违反伦理道德标准。
在试管婴儿技术的应用过程中，医疗事故也可能引发伦理争议。例如，安徽“试管婴儿被放错胚胎”事件就引发了公众的关注。在这起事件中，医院的操作严重违反了相关标准要求以及当事人知情同意的伦理原则。此外，医院没有按照规范保存胚胎、无法提供有效溯源的病历记录、不能证明胚胎准确性，除了依法对当事人进行赔偿，还应接受行政处罚。
总的来说，试管婴儿技术的发展和应用在解决不孕不育问题的同时，也引发了一系列复杂的伦理争议。这些争议涉及到人类生命的价值、生育权和选择权、人伦关系等多个方面，需要我们在推动科技进步的同时，也要认真思考和解决相应的伦理问题。
